エドマン 分解。 Edman degradation (エドマン分解): 生化学知識&実験ノート

エドマン分解とは?気になるエドマン分解の最新の情報から解決。

エドマン 分解

本日もお越しいただきありがとうございます。 応援のクリック!をお願いします。 私が大学4年生になろうとした時、「脳下垂体ホルモンのアミノ酸配列を決めてみたい」という単純(!? )な願いを持ちました。 しかし卒論で最初に取り組んだ実験は、アミノ酸配列を化学的に決定する手法の「エドマン分解」でなく、エドマン分解するためのサンプル調製でした その話は、また後日することにして、今日は「エドマン分解」について解説します。 これは、スウェーデンの生化学者ペール・エドマン Pehr Victor Edman により1950年に提唱されました。 そしてこれら一連の反応を繰り返し行い、新しくできたペプチドのアミノ末端をダンシルクロライドを使って順次分析することによって、アミノ酸配列を決定していきました(エドマン-ダンシル法といいます)。 これは後々、上の図にあるように遊離したアミノ酸誘導体を高速液体クロマトグラフィーで同定する方法へ変わっていきます。 今では、プロテインシーケンサー(あるいはペプチドシークエンサー)と呼ばれる分析機器があるため、機械任せでアミノ酸配列を決めることが主流になりましたが、当時は手動で行っていました。 この「エドマン分解」によるアミノ酸配列決定では、アミノ末端から2〜3番目くらいの配列までは誰でも決めることができます。 ところが、10残基以上となると極めて難しい実験と言われていました。 理由は、1つ1つの反応を完璧に行う必要があったからです。 中途半端な反応を繰り返してしてしまうと、切れ残りがキャリーオーバーし、同定されるアミノ酸が複数になってしまって、配列が判らなくなってくるのです。 そのために、一度たりとも気を抜くことができない実験が連日のように続いたのでした。 しかしながら現在では、配列分析に適さなかったエドマン分解を上手にできない人が「アミノ酸配列を超微量分析で決定できる達人」として重宝される時代になりました。 つまり、いいかげんにエドマン分解を繰り返すと、切れ残りが発生し、いろいろな長さのペプチドの混合物となります。 全国からこれはという厳選された逸品は、全てこのサイトから探せます。 お買い得な「 訳あり品」も充実.

次の

エドマン分解とは?気になるエドマン分解の最新の情報から解決。

エドマン 分解

この記事は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。 出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。 ( 2012年6月) エドマン分解(エドマンぶんかい、: Edman degradation)は、()のを的手法で決定する方法である。 また、この分析で利用されるもエドマン分解と呼ぶ。 エドマン分解反応は ペール・エドマン ()によりに発見された。 概要 [編集 ] 一段階のエドマン分解をペプチドに施すことにより、N端側1残基のアミノ酸のみを分解分離することができる。 生成したフェニルチオヒダントイン誘導体を HPLC 等で分析したり、場合によっては残されたペプチド等を分析することでアミノ酸残基を決定することができる。 この方法は繰り返し適用が可能であるから、アミノ酸配列を決定することができ、自動アミノ酸配列分析装置などに利用されている。 エドマン分解でアミノ酸配列を決定するには、単離精製済みの数十pmolのペプチド試料が必要である。 そのために前処理として蛋白質の酵素分解や電気泳ゲルなどの前処理が必要となる。 現在では、エドマン分解が適用できない微量のペプチドであっても、などを用いたでペプチドを同定することが可能になった。 反応 [編集 ] エドマン分解はペプチドのN端側遊離アミノ酸に微アルカリ条件下でフェニルイソチオシアネートを反応させて N-フェニルチオカルバモイル体とする1段階目と、酸処理により N-フェニルチオカルバモイル体が環化する際に()を切断し、フェニルチオヒダントイン誘導体となる2段階目とから構成される。 フェニルチオヒダントイン誘導体は紫外吸収が強く、あるいは蛍光を発するように工夫することで微量ペプチド分析が容易である。 関連項目 [編集 ] ウィキメディア・コモンズには、 に関連するカテゴリがあります。 この項目は、に関連した 書きかけの項目です。 などしてくださる(、/Portal:化学、Portal:生物学)。

次の

エドマン分解

エドマン 分解

タンパク質やポリペプチドは6M塩酸を加え、24時間還流すると、ペプチド結合が加水分解され、アミノ酸の混合物が得られる。 次に個々のアミノ酸を分離、同定する。 アミノ酸は22種類もあるため、これでは手におえない作業となってしまう。 1950年にRockefeller研究所からアミノ酸自動分析装置が開発された。 この装置は陽イオン交換樹脂である、不溶性重合体を用いている。 アミノ酸混合物をふくむ溶液をカラムに通すと、負に帯電している陽イオン交換樹脂が正に帯電したアミノ酸を吸着する。 アミノ酸の塩基性によって吸着力が異なり、塩基性が強いほど吸着力も強くなる。 続いて、ある一定のpHの緩衝溶液をカラムに通すと、個々のアミノ酸がそれぞれ異なる速度で降下するので、これによってアミノ酸を分離する。 カラムの下端でニンヒドリン 図2 を混合すると、アミノ酸と反応し、強い紫色を呈する誘導体を生じる。 アミノ酸分析装置は溶離液のの吸収を連続して測定できるので、その吸収を溶離液の容積の関数として記録できるように設計されている。 分子量は超遠心法、光散乱法、浸透圧法など、多種多様な方法が用いられる。 分子量とアミノ酸組成が決定すると、たんぱく質の分子式を決定することができる。 たんぱく質中のアミノ酸残基がいくつずつあるかを知ることができる。 分子式が決定したからといってこの時点では構造式を決定することはできない。 20種類10個のアミノ酸からなるタンパク質においては20 100=1. このようにアミノ酸の結合順序の決定を可能にするいくつかの方法が開発されている。 このうち、「末端アミノ酸分析」「酵素による分析」を紹介する。 温和な塩基性溶液中でポリペプチドをDNFB 2,4-Dinitrofluorobenzene を用いて処理すると、N-末端残基の遊離のアミノ酸との間で求核置換反応が起こる。 図3 ポリペプチドとDNFBの反応 その後、酸を用いて加水分解すると、アミノ酸の混合物が得られるがN-末端残基は2,4-dinitrophenyl基が結合している。 よって、これを単離し同定することができる。 この方法はN-末端残基を取り外した後、残りのペプチド鎖がそのまま残るため、Sanger法よりも有利である。 この方法は、N-末端アミノ基とPhenyl isothiocyanateとの標識反応を用いる。 標識されたポリペプチドを酸で処理すると、N-末端アミノ酸残基だけが取り外される 図4。 図4 Edman分解法 得られたPhenylthiohydantoinと標準アミノ酸から合成されたPhenylthiohydantoinを比較してN-末端アミノ酸を同定する。 残ったポリペプチドに対してもう一度、分解反応を行うこともできる。 この反応は自動化もされている。 しかし、N-末端アミノ酸残基を取り除く時に行う酸処理の際に加水分解され生じたアミノ酸が反応混合物中に堆積され、この反応を妨害するため、無限に反復することはできない。 アミノ酸残基60個からなるポリペプチドまでは、配列決定装置 Edman法を用いた装置 によって分析されている。 ポリペプチドやタンパク質を小さなペプチドに分解するにはいくつかの方法があるが、プロテアーゼというペプチド鎖を選択的に加水分解する酵素がいくつかある。 この種類の1つに トリプシンがある。 ペプチド結合のカルボニル基がリシンやアルギニン単位の一部である時に開裂を起こす。 また、 キモトリプシンはフェニルアラニン、トリプトファン、チロシンのような疎水性の残基のカルボニル基で形成されたペプチド結合を開裂する。 0で最大活性を示し、2個のアスパラギン酸残基のカルボキシル基を活性部位の官能基として持っている。 また、 レンニン チーズ製造に用いられている も同じ性質を示す。 これらの酵素はセリンプロテアーゼよりも特異性が低く、一般に疎水性の残基の間の加水分解を起こす。 papain パパイヤ果実に含まれる 、 ficin 無花果に含まれる 、 bromelain パイナップルに含まれる 、 actinidin キウィに含まれる などがある。 これらの酵素で分解されたポリペプチドをEdman分解によって分析し、それらをつなぎ合わせることによってタンパク質やポリペプチドの構造を決定する。 アミノ酸の構造決定は、単純な作業の繰り返しなので大変な作業らしい。

次の